وفي أيام ثورة المختار بالكوفة قام ابن الزبير – أيام حكومته – بحبس محمد بن الحنفية ، وجمع من بني هاشم وأنصارهم ، بأنهم رفضوا مبايعته .
وكان يريد إحراقهم بالنار ، فأرسل ابن الحنفية رسالة إلى المختار يستنهض فيها الهمم ، ويطلب النصرة ، فأرسل المختار جيشاً من الكوفة .
وعندما دخل الجيش إلى مكة رفع شعار : ( يَا لِثَارَاتِ الحُسين ) .
فقاموا بكسر السجن الذي كان فيه ابن الحنفية وأنصاره ، وقالوا به : خلِّ بيننا وبين عدوَّ الله بن الزبير .
فقال لهم ابن الحنفية : لا أستحلُّ القتال في حرم الله [ مكة المكرمة ] .
ومن مواعظ ابن الحنفية ووصاياه ، روي أنه قال لبعض ولده :
إذا شئتَ أن تكون أديباً فخذ من كل شيء أحسنه ، وإن شئت أن تكون عالماً فاقتصر على فنٍّ من الفنون .
وفاته :
توفي محمد بن الحنفية ( رضوان الله عليه ) سنة ( 81 هـ ) ، أيام خلافة عبد الملك بن مروان ، وكان عمره ( رضوان الله عليه ) خمساً وستين عاماً .
واختلف المؤرخون في محل دفنه ، فمنهم من قال : دُفن بين مكة والمدينة ، ومنهم من قال : دُفن في الطائف .
وهناك آخرون قالوا : دُفن في مقبر البقيع ، بالمدينة المنورة .