ونتيجة للصراع الدائر بين أهل البيت (عليهم السلام) وأنصارهم وبين بني العباس، بالإضافة الى بروز شخصية الإمام الرضا (عليه السلام) وتفوقها على شخصية المأمون، كل ذلك دفع المأمون الى التفكير بشكل جدّي بتصفية الإمام واغتياله، وتم له ذلك عن طريق دس السم للإمام فمضى شهيداً مسموماً في اليوم الأخير من شهر صفر سنة 203 هـ (وعلى رواية في السابع عشر منه)وتم دفنه في مدينة طوس بخراسان، والتي كبُرت وأتسعت بعد دفن الإمام الرضا (عليه السلام) فيها وصار إسمها (مشهد المقدسة) وهي من أوسع المدن في بلاد إيران، وببركة احتضان هذه المدينة للجسد الشريف لهذا الإمام المظلوم أصبحت مدينة غنية بالثروات عامرة بالحوزات العلميّة والمدارس الدينية والمراكز والمؤسسات التحقيقية والثقافية.